На территории России неоттианте растет чаще всего в светлых сосно-во-зеленомошных или елово-зеленомошных лесах (но с заметной примесью сосны). В Башкирском государственном заповеднике распространена в сосновых и смешанных (лиственнично- и березово-сосновых) преимущественно мшистых лесах — чернично-вейниково-зеленомошных, костянично-вейниково-зеленомошных, иногда в сложных сосняках — липо-во-орляково-вейниковых, а также в разнотравно-коротконожковых спелых сосняках.
В Московской области вид нами встречен главным образом в мшистых сосняках-зеленомошниках, или в сосново-еловых зеленомошных лесах (на месте сосняков) с разреженным травяным покровом (общее проективное покрытие травяного покрова до 30 %), реже в сложных сосняках с примесью дуба и липы.
Иногда неоттианте образует очень большие скопления до 1200-2000 особей (Filipek, 1956; Sarosiek et al., 1991), подобные скопления приходилось наблюдать и нам, но в Московской области таких крупных популяций практически не осталось. Максимальная плотность популяций может быть очень высокой — до 110-120( 150) особей на м2, средняя плотность — около ТО-12 особей на м2.
Для большинства изученных ценопопуляций неоттианте клобучковой характерен (как и для большинства других наших орхидных) правосторонний возрастной спектр, с относительно высоким участием ювенильных растений, что свидетельствует о нормальном самоподдержании популяций.
Характерной чертой изученный популяций, как в Подмосковье, так и в Башкортостане (Жирнова, 1994, 1999) являются резкие колебания численности и плотности популяций. Причиной этих колебаний могут являться погодные условия, антропогенные факторы, но нередко — какие-то пока нам неясные эндогенные факторы.
Т.В Жирнова отмечает, что наибольшая численность в сосновых лесах Башкирского заповедника наблюдалась во влажные и теплые годы (1993 и 1994 гг.). Резкое падение численности (с 1997 г.) связано с жаркой и очень сухой погодой весной и летом 1995 г; и аномально бесснежным периодом В начале зимы 1996-97 гт. и 97-98 гг. при сильных заморозках на поверхности почвы (до -34-36°).
Интересное явление было отмечено нами на территории Звенигородской биостанции МГУ (Одинцовский р-н Московской области), где рядом с единственным генеративным экземпляром, за которым мы 2 года вели наблюдения, внезапно появилось сразу 83 разновозрастные особи. Поскольку в этой группе присутствовали взрослые вегетативные и генеративные особи, то следует предположить, что растения находились в течение нескольких лет в состоянии вторичного покоя (существуя за счет симбиоза с грибами). На следующий год численность этой группы сократилась более чем в 2 раза, а через 5 лет исчезли все растения, кроме того единственного генеративного экземпляра, с которого й были начаты наблюдения. Никаких резких изменений условий местообитания за период наблюдения не происходило. Подобные резкие колебания численности этого вида отмечали и в других регионах (Wisniewski, 1976).
В конкурентном отношении Neottianthe cucullata — слабый вид, предпочитает места с разреженным травяным покровом. Относится к растени-ям-бриофилам (в понимании Мазуренко и Хохрякова, 1989). При нарушении мохового покрова (в который погружены клубни и корни неоттианте) вид обычно исчезает.