Цветки неоттианте содержат много нектара, что привлекает опылителей, в частности, Apiden (Ziegenspeck,1936; Wiesnewski, 1976). Подробно процесс опыления у этого вида не изучен.
Неоттианте клобучковая мало устойчива к антропогенному воздействию, что вызвало сокращение ее численности во многих частях ареала. В ряде регионов и государств вид внесен в списки редких и охраняемых растений (Wisniewski, 1976; Балявичене, 1980; Талла, 1980; Игнатенко, Амельченко, 1983), в том числе в Красные книги Белоруссии (1981), России (1988), Украины (1988, 1996).
В Московской области неоттианте клобучковая прежде была довольно широко распространена (Кауфман, 1899; Сырейщиков, 1906).В настоящее время многие из ближайших к Москве местонахождений исчезли или вошли в черту города (Кунцево, Останкино, Перово, Сокольники, Троице-Лыково, Усово, Хорошево, и др.), в связи с чем вид внесен в Красную книгу Московской области (1998). На территории области неоттианте кло-. бучковая охраняется в Приокско-Террасном заповеднике, Национальном парке «Лосиный остров» и трех заказниках.
В культуре неустойчива, быстро выпадает. Наш опыт по репатриации этого вида в естественные для него природные условия окончился неудачей — в лучшем случае растения прожили три-четыре года. Согласно новейшим биохимическим исследованиям (Bateman et al., 1998) род Coeloglossum предложено объединить с родом Dactylorhiza. В последней сводке по орхидным (Genera Orchidacearum, 2001, v. 2, p. 1) Coeloglossum viride упоминается как Dactylorhiza virides.
Вид полиморфный, ряд исследователей (Schultze, 1894; Hegi, 1936; Peitz, 1962 и др.) выделяют три разновидности: var. bracteata (с длинными прицветниками); var. islandicum (мелкие растения, не превышающие 10 см в высоту, с 2 зелеными листьями); var. vaillantli (с золотисто-желтой губой и красными или зеленоватыми зубчиками околоцветника). Другие исследователи считают их подвидами и выделяют, кроме выше указанных, еще subsp. viride (сюда обычно включают var. vaillantii), а также subsp. kaschmirum. Для Северной Америки указывают var. virescens (Nilsson, 1979). В. Г. Собко (1989), описывая орхидные Украины, выделяет две разновидности — var. viride и var. vaillantii. В пределах указанных разновидностей и подвидов выделяют около 10 форм, различающихся по величине цветков, рассеченности губы, и длине прицветников (Fuller, 1972; Prochazka, Velisek, 1983; Собко, 1989).
В Московской области помимо обычной формы указан var. bracteata Led. с прицветниками, в 2-2,5 раза превышающими длину цветков (Маевский, 1964; Аверьянов, 2000).
Вид нередко образует межродовые гибриды с видами рода Dactylorhiza (D.fuchsii, D. incarnata, D. maculata, D. majalis.D. sambucina, D. purpurella, D. umbrosa), а также видами родов Gymnadenia, Nigritella, Orchis, Platanthera (Schulze, 1894; Hegi, 1936; Peitz, 1962; Soo, Borsos, 1966; Fuller, 1972; Schmid et al., 1974; Sundermann, 1975; Wennenberg, 1978; Lang, 1980; Dressier, 1981; Prochazka, Velisek, 1983).