Ветви корневища в базальной части несколько тоньше, а к верхушке расширяются и имеют несколько закругленную форму и толщину до 4—5 см, так что все корневище имеет четковидный характер. Некоторые ответвления корневища тоньше, удлиненные, скручены спирально или отходят в сторону, отдаляя на 10—20 см молодые розеточные побеги.
Ветви корневища очень компактны, поэтому отходящие от них вегетативные и генеративные побеги образуют довольно плотный куст. Молодые корневища по окраске очень похожи на корни, а старые темнее, на них видны листовые рубцы и почки. От корневищ отходят вниз и в стороны толстые скелетные и тонкие всасывающие придаточные корни. Корневища довольно хрупкие, богаты паренхимой, которая служит вместилищем вторичного крахмала. Почки возобновления находятся на базальной части генеративных побегов и в пазухах листьев вегетативных побегов. Есть на корневищах и спящие почки.
Побеги у щавеля конского полициклические, полурозеточные. Генеративные слабоолиственные ортотропные побеги имеют высоту 90—120 (160) см, ветвятся наверху в области соцветия. Стебли бороздчатые, полые, грубые от хорошо развитой механической ткани, у основания толщина их 10—15 мм. Листорасположение очередное. Размер и форма листьев меняются с возрастом и в зависимости от положения на растении. Листья розеточных побегов взрослых растений и нижние стеблевые с продолговато-яйцевидной пластинкой 20—25 см длиной и 6—15 см шириной, тупые, с сердцевидным основанием, цельнокрайние со слегка волнистым краем. Жилкование перистое. Черешок длинный, сверху желобчатый, снизу покрыт, как и жилки листа, короткими, жесткими, оттопыренными белыми волосками. Лист светового типа, с двуряд-ной палисадной паренхимой (Хазанович, 1.940).
Генеративный побег заканчивается крупным узкоцилиндриче-ским- соцветием — тирсоидной метелкой. Боковые слабо отклоненные ветви метелки расположены пучками в пазухах верхних более узких продолговато-ланцетных стеблевых листьев. Пучки из 3—5 неравновеликих ветвей длиной 5—20 см отстоят друг от друга в нижней части соцветия на 15—20 см, в верхней — на 3—7, так что общая длина соцветия может достигать 60 см. На ветвях и на главной оси располагаются парциальные соцветия, закладка при-мордиев которых идет в акропетальном порядке: на верхушках ветвей — дихазий из 3 цветков, ниже — сложные дихазий и поли-хазии, состоящие из нескольких десятков цветков.
Цветки на тонких цветоножках длиной в 5—7 мм, имеющих сочленение в средней части. Анемофильные невзрачные цветки ак-тиноморфны, обоеполые или раздельнополые, с простым зеленоватым или желто-зеленым 2-круговым околоцветником из 6 листочков, длиной 6—7 мм, слегка сросшихся при основании. Обоеполые цветки протерандричны. Андроцей из 6 тычинок, попарно расположенных между внутренними листочками околоцветника. Пыльники свисают на тонких тычиночных нитях. Гинецей ценокарпный, из 3 плодолистиков, с З-грайной завязью, 3 короткими нитевидными столбиками и кистевидными рыльцами. Завязь верхняя, 1-гнезд-ная, с 1 семезачатком.